در روز 6 تیر ماه 1360، زمانی که آیت‌الله خامنه‌ای نمایندگی امام در شورای عالی دفاع و نیز امامت جمعه تهران در مسجد ابوذر تهران جهت پاسخ به پرسشهای مردم پشت تریبون قرار گرفت، انفجار ضبط صوت بمب‌گذاری شده به یکباره سخنرانی را قطع کرد.
«محسن جواديان»محافظ و همراه رهبر اقتلاب بعدها درباره آن لحظات گفت: «پس از سخنراني ایشان پاسخ به پرسشها شروع شد و سؤال اول هم اين بود كه آيا راست است كه فلان وزير داماد شماست؟ آقا درآن تاريخ اصلا دختر نداشتند لذا با خنده فرمودند: «من اصلا دختر ندارم» كه جمعيت هم خنديدند. سؤال دوم اين بود كه چرا بر حسب فقه اسلامي زن نمي تواند قاضي شود؟ آقا در حال پاسخ دادن به اين پرسش بودند كه به ناگاه انفجار اتفاق افتاد».
پس از این ترور، با توجه به سخنرانیهای ایشان در روزهای قبل، تمام توجه ها به سمت سازمان مجاهدین خلق جلب شد اما این سازمان رسماً مسئولیت سوءقصد به آیة الله خامنه ای را برعهده نگرفت و اتهام آن را متوجه گروهك فرقان نمود.
حضرت امام خمینی(ره) پس از آن طی پیامی خطاب به آیة الله خامنه ای فرمودند:
اكنون دشمنان انقلاب به سوءقصد به شما كه از سلاله رسول اكرم)ص( وخاندان حسین بن علی(ع)هستید و جرمی جزخدمت به اسلام و كشور اسلامی ندارید و سربازی فداكار درجبهه جنگ و معلمی آموزنده در محراب وخطیبی توانا درجمعه وجماعات و راهنمایی دلسوز در صحنه انقلاب می باشید ، آن قدر از بینش سیاسی بی نصیبند كه بی درنگ پس ازسخنان شما درمجلس و[نماز]جمعه وپیشگاه ملت به این جنایت دست زدند و به كسی سوءقصد كردند كه آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین انداز است... (فرارو)
