پس از سخنان رییس جمهور علی مطهری در نطقی جنجالی به مخالفت با دکتر فرهادی برای تصدی وزارت علوم پرداخت.

علی مطهری نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی در اقدامی غیر منتظره در مخالفت با وزیر پیشنهادی علوم گفت که مخالفت او به این خاطر است که به نظر می رسد فضای مجلس نسبت به فرهادی مثبت است.

مطهری با اشاره به این که مجلس شورای اسلامی به استناد به برخی اقدامات گزینه های پیشین تصدی وزارت علوم در ایام انتخابات سال 88 آن ها را فتنه گر دانسته است گفت پس اگر معیار اصلی مجلس نقش آفرینی در "فتنه" است دکتر فرهادی نیز در فتنه نقش داشته است و مجلس باید به او نیز رای اعتماد ندهد. در غیر اینصورت متهم به رفتار یک بام و دو هوا می شود.

او گفت: در حالی که آقای فرهادی نیز نامه ای را امضا کرده که می توان چنین برداشتی را راجع وی نیز داشت.

نماینده مردم تهران، ری، شمیرانات و اسلامشهر در مجلس شورای اسلامی در ادامه این مطلب افزود: رای مثبت به محمد فرهادی نشان از دوگانگی رفتار مجلس و حکایت از عبور از خط قرمزهایی است که اکثریت مجلس پیش از این برای خود تعیین کرده بود.

او گفت دکتر فرهادی در ایام انتخابات سال 88 نامه ای را به همراه موسوی، کروبی، خاتمی و تعدادی دیگر از فعالان سیاسی خطاب به مراجع تقلید نوشته است و در آن نسبت به برخوردهای رخ داده اعتراض کرده است. مبنای مجلس در عدم اعتماد به دکتر نیلی احمد آبادی، دانش آشتیانی، میلی منفرد اقداماتی همچون نامه نگاری و سخنرانی در اعتراض به اتفاقات سال 88 بوده است. پس با این مبنا مجلس باید به فرهادی هم رای اعتماد ندهد.

مطهری متن نامه ای که فرهادی آن را امضا کرده است را قرائت کرد.

او گفت: با منطق اکثریت مجلس فرهادی هم به موجب امضای این نامه فتنه‌گر است و اگر بگوید از نامه خبر نداشتم و یا از قراردادن نامش در این نامه بی‌خبر است و تکذیب کند، پذیرفته نیست.

مطهری بیان کرد: مردم قضاوت خواهند کرد که درد مجلس فتنه نیست و مجلس اصولگرایی به معامله برای انتصاب‌ها متهم می‌شود.

مطهری گفت اگر نمایندگان مجلس به راه گذشته خود اعتقاد دارند باید همین راه را هم امروز ادامه دهند. و از مسیر خود برنگردند.

سخنان علی مطهری با واکنش اعتراضی اکثریت نمایندگان روبه رو شد. ان ها با فریاد "دو دو" به مطهری اعتراض کردند.

علی مطهری 5 دقیقه از وقت خود را به علی محمد احمدی داد. احمدی نیز در مخالفت با فرهادی سخن گفت.