سید یاسر خمینی در پاسخ به سوالی در خصوص احتمال کاندیداتوری سید حسن خمینی در انتخابات ریاست جمهوری ۱۴۰۰، اظهار کرد: در هفته‌ها و بلکه ماه‌های اخیر، اقبال زیادی به اخوی گرامی جناب حاج حسن آقا شد و بزرگان زیادی از عاشقان امام، ایثارگران، مذهبیّون، خانواده‌های شهداء، سیاسیون و دانشگاهیان کشور ایشان را تنها کسی دانستند که می‌تواند کشور را با شعار «همه با هم» امام خمینی متحد کند.
وی با بیان اینکه حاج حسن آقا هنوز این درخواست‌ها را نپذیرفته بودند، افزود: ایشان با تردید در حال مشورت و بررسی جوانب امر بودند تا اینکه امروز مطابق دیدار‌های نوبه خود با رهبری به دیدن ایشان رفتند که طی این ملاقات، رهبر انقلاب کاندیداتوری ایشان در انتخابات را به صلاح ندانستند و با بیان اینکه حاج حسن آقا را مانند فرزند خود می‌دانند، از ایشان خواستند که در شرایط فعلی به این عرصه ورود نکنند.
سید یاسر خمینی تصریح کرد: با توجه به این توصیه، طبیعی است که تصمیم ایشان روشن است و اخوی یقینا تصمیمی برای کاندیداتوری ندارند.
وی در پایان با ابراز امیدواری نسبت به برگزاری پرشور انتخابات پیش رو، گفت: لازم است، به نیابت از اخوی از همه شخصیت‌های حقیقی و حقوقی که از ایشان دعوت کردند تشکر کنم. ایشان خود را خدمتگزار مردم می‌داند و برای صلاحدید مردم و انقلاب حاضر به هرگونه ازخودگذشتگی است و در هر جایی باشد خدمتگزار و دلسوز مردم است.
رهبر معظم انقلاب، سیدحسن خمینی را از دام افراطیون نجات دادند
"سید یاسر جبرائیلی" هم در واکنش به این خبر در توئیتر نوشت:
رهبر حکیم انقلاب، امروز آقای سیدحسن خمینی را از دامی که افراطیون برایش تدارک دیده بودند، نجات دادند و سید حسن نیز هوشمندانه به این تدبیر لبیک گفت. او شرایط لازم برای کاندیداتوری را نداشت و لیبرال‌ها با علم کامل به این امر، در پی هزینه وی در مسیر ستیزشان با امام و نظام بودند.